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叢刊目錄：
001 臺灣割據志
002 東瀛識略
003 小琉球漫誌
004 臺海使槎錄
005 臺灣鄭氏紀事
006 臺游日記
007 東槎紀略
008 東瀛紀事
009 蠡測彙鈔
010 赤嵌集
011 閩海紀要
012 東征集
013 靖海紀事
014 平臺紀略
015 臺灣鄭氏始末
016 平臺紀事本末
017 治臺必告錄
018 臺灣志略
019 海東札記
020 臺陽筆記
021 巡臺退思錄
022 海紀輯要
023 閩海紀略
024 海上見聞錄
025 賜姓始末
026 海國聞見錄
027 劉壯肅公奏議
028 臺灣雜詠合刻
029 福建臺灣奏摺
030 臺陽見聞錄
031 臺案彙錄甲集
032 從征實錄
033 靖海紀略
034 臺陽詩話
035 靖海志
036 臺灣紀事
037 雲林縣采訪冊
038 同治甲戌日兵侵臺始末
039 甲戌公牘鈔存
040 臺海思慟錄
041 北郭園詩鈔
042 海南雜著
043 馬關議和中之伊李問答
044 裨海記遊
045 臺灣輿圖
046 臺灣番事物產與商務
047 戴施兩案紀略
048 苑裹志
049 東溟奏稿
050 滄海遺民賸稿
051 臺灣生熟番紀事
052 安平縣雜記
053 臺戰演義
054 臺灣教育碑記
055 臺灣采訪冊
056 閩海贈言
057 割臺三記
058 嘉義管內采訪冊
059 瀛海偕亡記
060 臺灣外記
061 新竹縣志初稿
062 楊勇愨公奏議
063 樹杞林志
064 臺灣詩乘
065 臺灣府志
066 重修臺灣府志（十卷）
067 鄭成功傳
068 清一統志臺灣府
069 鄭氏關係文書
070 嶺雲海日樓詩鈔
071 臺灣日記與稟啟
072 無悶草堂詩存
073 鳳山縣采訪冊
074 重修福建臺灣府志
075 恒春縣志
076 南天痕
077 天妃顯聖錄
078 清代臺灣職官印錄
079 臺灣私法債權編
080 金門志
081 臺東州采訪冊
082 內自訟齋文選
083 中復堂選集
084 褔建通志臺灣府
085 南明野史
086 所知錄
087 斯未信齋文編
088 左文襄公奏牘
089 臺灣遊記
090 番社采風圖考
091 臺灣私法商事編
092 噶瑪蘭志略
093 斯未信齋雜錄
094 劍花室詩集
095 廈門志
096 東南紀事
097 張文襄公選集
098 平閩紀
099 海東逸史
100 哀臺灣箋釋
101 新竹縣制度考
102 欽定平定臺灣紀略
103 臺灣縣志
104 澎溯臺灣紀略
105 重修臺灣府志（二十五卷）
106 明季三朝野史
107 臺風雜記
108 彰化節孝冊
109 澎湖紀略
110 臺灣海防檔
111 思文大紀
112 明季遺聞
113 重修臺灣縣志
114 績補明紀編年
115 澎湖績編
116 陳清端公文選
117 臺灣私法人事編
118 魯春秋
119 諸蕃志
120 臺灣通紀
121 續修臺灣府志
122 使署閒情
123 徐闇公先生年譜
124 鳳山縣志
125 欽定福建省外海戰船則例
126 清朝柔遠記選錄
127 鹿樵紀聞
128 臺灣通史
129 臺海見聞錄
130 臺灣通志
131 李文忠公選集
132 南疆繹史
133 續明紀事本末
134 小腆紀年
135 海外慟哭記
136 罪惟錄選輯
137 黃漳浦文選
138 小腆紀傳
139 臺灣府賦役冊
140 續修臺灣縣志
141 諸羅縣志
142 張蒼水詩文集
143 六亭文選
144 陶村詩稿
145 新竹縣采訪冊
146 重修鳳山縣志
147 窺園留草
148 明季南略
149 三藩紀事本末
150 臺灣私法物權編
151 臺灣中部碑文集成
152 清代臺灣大租調查書
153 荷 叢談
154 明季荷蘭人侵據彭湖殘檔
155 清初海彊圖稅
156 彰化縣志
157 鄭氏史料初編
158 清世祖實錄選輯
159 苗栗縣志
160 噶瑪蘭廳志
161 臺灣語典
162 臺灣三字經
163 東山國語
164 澎湖廳志
165 清聖祖實錄選輯
166 雅言
167 清世宗實錄選輯
168 鄭氏史料續輯
169 南明史料
170 櫟社沿革志略
171 淡水廳築城案卷
172 淡水廳志
173 臺案彙錄乙集
174 清代官書記明臺灣鄭氏亡事
175 鄭氏史料三編
176 臺案彙錄丙集
177 爝火錄
178 臺案彙錄丁集
179 臺案彙錄戊集
180 清職貢圖選
181 臺灣府輿圖纂要
182 朱舜水文選
183 聖安本紀
184 臺灣土地制度考查報告書
185 臺灣地輿全圖
186 清高宗實錄選輯
187 清仁宗實錄選輯
188 清宣宗實錄選輯
189 清文宗實錄選輯
190 清穆宗實錄選輯
191 臺案彙錄己集
192 法軍侵臺檔
193 清德宗實錄選輯
194 清先正事略選
195 福建通志列傳選
196 流求與雞籠山
197 淡新鳳三縣簡明總括圖冊
198 清季外交史料選輯
199 福建省例
200 臺案彙錄庚集
201 半崧集簡編
202 潛園琴餘草簡編
203 籌辦夷務始末選輯
204 法軍侵臺檔案補編
205 臺案彙錄辛集
206 戴案紀略
207 陳清端公年譜
208 雅堂文集
209 野史無文
210 清光緒朝中日交涉史料選輯
211 臺灣旅行記
212 魂南記
213 海濱大事記
214 清稗類鈔選錄
215 後蘇龕合集
216 臺灣輿地彙鈔
217 鮚埼亭集選輯
218 臺灣南部碑文集成
219 廣陽雜記選
220 碑傳選集
221 清史講義選錄
222 臺灣兵備手抄
223 續碑傳選集
224 臺灣詩薈雜文鈔
225 藏山閣集選輯
226 清會典臺灣事例
227 臺案彙錄壬集
228 臺案彙錄癸集
229 清經世文編選錄
230 清耆獻類徵選編
231 吳光祿使閩奏稿選錄
232 漳州府志選錄
233 泉州府志選錄
234 行在陽秋
235 幸存錄
236 籌辦夷務始末選輯補編
237 崇相集選錄
238 東明聞見錄
239 閩事紀略
240 青燐屑
241 吳耿尚孔四王全傳
242 江南聞見錄
243 清史稿臺灣資料集輯
244 明亡述略
245 島噫詩
246 江陰城守紀
247 清季申報臺灣紀事輯錄
248 庭聞錄
249 遇變紀略
250 崇禎朝野紀
251 風倒梧桐記
252 兩粵夢遊記
253 述報法兵侵臺紀事殘輯
254 研堂見聞雜記
255 滿洲秘檔選輯
256 清奏疏選彙
257 天堂薈記
258 江上孤忠錄
259 東林與復社
260 閩中紀略
261 洪承疇章奏文冊彙輯
262 東華錄選輯
263 烈皇小識
264 甲申傳信錄
265 中日戰輯選錄
266 弘光實錄鈔
267 西南紀事
268 浙東紀略
269 蜀碧
270 崇禎長編
271 客滇述
272 崇禎記聞錄
273 東華續錄選輯
274 清史列傳選
275 明季北略
276 劉鉻傳撫臺前後檔案
277 光緒朝東華續錄選輯
278 清季臺灣洋務史料
279 甲乙日曆
280 臺灣詩鈔
281 通鑑輯覽明季編年
282 石匱書後集
283 重修臺郡各建築圖說
284 平定三逆方略
285 李文襄公奏疏與文移
286 雪交亭正氣錄
287 使琉球錄三種
288 道咸同光四朝奏議選輯
289 明經世文編選錄
290 臺灣對外關係史料
291 欽定勝朝殉節諸臣錄
292 清代琉球紀錄集輯
293 琉球國志略
294 崇禎實錄
295 淡新檔案選錄行政編初集
296 明實錄閩海關係史料
297 小酉腴山館主人自著年譜
298 臺灣霧峰林氏族譜
299 清代琉球紀錄續輯
300 雍正硃批奏摺選輯
301 偏安排日事蹟
302 嶺海焚餘
303 陳第年譜
304 寄鶴齋選集
305 蘄黃四十八砦紀事
306 中山傳信錄
307 明史選輯
308 臺灣海防並開山日記
309 臺灣關係文獻集零
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005 臺灣鄭氏紀事
006 臺游日記
007 東槎紀略
008 東瀛紀事
009 蠡測彙鈔
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015 臺灣鄭氏始末
016 平臺紀事本末
017 治臺必告錄
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019 海東札記
020 臺陽筆記
021 巡臺退思錄
022 海紀輯要
023 閩海紀略
024 海上見聞錄
025 賜姓始末
026 海國聞見錄
027 劉壯肅公奏議
028 臺灣雜詠合刻
029 福建臺灣奏摺
030 臺陽見聞錄
031 臺案彙錄甲集
032 從征實錄
033 靖海紀略
034 臺陽詩話
035 靖海志
036 臺灣紀事
037 雲林縣采訪冊
038 同治甲戌日兵侵臺始末
039 甲戌公牘鈔存
040 臺海思慟錄
041 北郭園詩鈔
042 海南雜著
043 馬關議和中之伊李問答
044 裨海記遊
045 臺灣輿圖
046 臺灣番事物產與商務
047 戴施兩案紀略
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053 臺戰演義
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058 嘉義管內采訪冊
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060 臺灣外記
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070 嶺雲海日樓詩鈔
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082 內自訟齋文選
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084 褔建通志臺灣府
085 南明野史
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087 斯未信齋文編
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105 重修臺灣府志（二十五卷）
106 明季三朝野史
107 臺風雜記
108 彰化節孝冊
109 澎湖紀略
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116 陳清端公文選
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119 諸蕃志
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135 海外慟哭記
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138 小腆紀傳
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154 明季荷蘭人侵據彭湖殘檔
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156 彰化縣志
157 鄭氏史料初編
158 清世祖實錄選輯
159 苗栗縣志
160 噶瑪蘭廳志
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162 臺灣三字經
163 東山國語
164 澎湖廳志
165 清聖祖實錄選輯
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167 清世宗實錄選輯
168 鄭氏史料續輯
169 南明史料
170 櫟社沿革志略
171 淡水廳築城案卷
172 淡水廳志
173 臺案彙錄乙集
174 清代官書記明臺灣鄭氏亡事
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254 研堂見聞雜記
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258 江上孤忠錄
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263 烈皇小識
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265 中日戰輯選錄
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267 西南紀事
268 浙東紀略
269 蜀碧
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271 客滇述
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273 東華續錄選輯
274 清史列傳選
275 明季北略
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277 光緒朝東華續錄選輯
278 清季臺灣洋務史料
279 甲乙日曆
280 臺灣詩鈔
281 通鑑輯覽明季編年
282 石匱書後集
283 重修臺郡各建築圖說
284 平定三逆方略
285 李文襄公奏疏與文移
286 雪交亭正氣錄
287 使琉球錄三種
288 道咸同光四朝奏議選輯
289 明經世文編選錄
290 臺灣對外關係史料
291 欽定勝朝殉節諸臣錄
292 清代琉球紀錄集輯
293 琉球國志略
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297 小酉腴山館主人自著年譜
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